پیام حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آیت الله العظمی حاج شیخ عباس محفوظی مدظله العالی
درگذشت تاسف برانگیز برادر بزرگوارتان جناب دکتر محفوظی که در اثر یک جنایت رخ داد موجب تاثر فراوان شد. من این مصیبت را به حضرتعالی، بیت شریف محفوظی و همه بستگان داغدار تسلیت می گویم و از پیشگاه حضرت حق جل و علی برای آن فقید سعید آمرزش و رحمت الهی و برای بازماندگان معزز صبر و اجر و سلامتی مسالت می کنم.
ادام الله ظلکم
ایام عزت مستدام
سید محمد خاتمی